Pondok Pesantren Bustanul Falah berdiri pada hari Ahad tanggal 22 Juni tahun 2000 di Dusun Tebuan Desa Kembiritan Kecamatan Genteng. Pendirian Pondok Pesantren ini berawal dari ketika Dr. KH. Kholilur Rahman, M.Pd.I menikah dengan Nyai Hj. Ulfatus Sholekhah, M.Pd.I dan beliau masih membantu pengembangan Pondok Pesantren Bustanul Makmur I yang saat itu diasuh oleh KH. Imam Zarkasy Djunaidi (Mertua). Pendirian Pondok Pesantren ini tidak lepas dari peran dari berbagai tokoh yakni H. Samuin dan Hj. Rustantin selaku Wakif tanah yang saat ini digunakan oleh Pondok Pesantren Bustanul Falah, KH. Zaini Habibullah (Ayahanda Gus Lilur) dan KH. Imam Zarkasy Djunaidi (Mertua Gus Lilur).
Alkisah, Istri H. Samu’in yakni Hj. Rustantin yang saat itu sebagai guru Biografi di SMA Plus Kecamatan Genteng selalu menanyakan kepada Gus Lilur dengan Pertanyaan: “Lak njenengan pingin ngedekne pondok, niki kulo nggadah tanah” (Kalau anda ingin mendirikan Pondok ini saya punya tanah) pertanyaan ini selalu beliau tanyakan kepada Gus Lilur setiap hari Rabu entah karena alasan apa. Karena sering ditanyakan hal tersebut akhirnya Gus Lilur, H. Samuin dan Hj. Rustantin sowan kepada KH. Imam Zarkasy Djunaidi untuk mendiskusikan tanah tersebut dan ahirnya muncul 9 (sembilan) pilihan tanah yang nantinya akan di tempati untuk pembangunan Pondok Pesantren Bustanul Falah.
Setelah diskusi tersebut akhirnya KH. Imam Zarkasy Djunaidi memerintahkan Gus Lilur untuk berkeliling untuk melihat tanah tersebut, lalu Gus Lilur dan H. Samu’in berkeliling menaiki sepeda motor guna untuk melihat 9 tanah itu dengan membawa kantong plastik dan memasukkan tanah ke dalam kantong guna untuk diistikhorohi oleh KH. Imam Zarkasy Djunaidi, dan tanah Pondok Pesantren Bustanul Falah ini jatuh pada urutan ketiga. Pada kisaran tahun 1999-2000 KH. Zaini Habibullah dan KH. Imam Zarkasy Djunaidi kondisi fisiknya sudah mulai menurun, dan bertepatan waktu itu beliau berdua periksa bersama ke Bondowoso. Sepulang dari Bondowoso beliau berdua berkunjung ke tanah yang saat itu menjadi tanah pilihan yang akan ditempati untuk pembangunan Pondok Pesantren.
Sesampainya di tanah tersebut, KH. Zaini Habibullah dan KH. Imam Zarkasyi Djunaidi berdiskusi dan berdialog di dalam mobil:
- Zaini Habibullah : Ngireng Ajunan Kadek (Monggo anda lebih dulu)
- Imam Zarkasyi Djunaidi : Ngireng Ajunan Kadek Kak Toan (Monggo Kakak duluan)
Hal ini menunjukkan betapa tawadhu’nya beliau berdua, saling menunjukkan etika berdiskusi yang baik dengan mendahulukan yang lebih tua walaupun beliau berdua adalah besan. Setelah itu beliau berdua langsung menunjuk masing-masing lahan yang akan dibangun untuk musholla dan rumah (ndalem) dari atas mobil.
- Zaini Habibullah : Kakdissak (itu)
- Imam Zarkasyi Djunaidi : Kakdintoh (ini)
Zaini Habibullah yang menunjuk lahan untuk rumah, lalu KH. Imam Zarkasy Djunaidi menunjuk lahan yang akan dibangun untuk musholla. Musholla Ponpes Bustanul Falah Mulai di bangun tahun 2000. KH. Imam Zarkasy Djunaidi memberikan syarat untuk mendirikan musholla deggan pernyataan; “ Ukuran 9×9 Beih, Mon Bedeh Rajjehnah Jaman Makle Tak Ngerepoteh Nak Potoh (Ukuran 9×9 saja, supaya kalau ada perkembangan zaman supaya tida merepotkan keturunanmu), ” sehingga yang awalnya dengan bangunan induk ukuran bangunan 6×6 diubah menjadi 9×9 dengan alasan Makle Tak Merepot Nak Potoh (agar tida merepotkan anak dan cucu kelak). Hal ini menurut Gus Lilur merupakan salah satu karomah dari KH. Imam Zarkasy Djunaidi yang terjawab saat ini bahwa Musholla Pondok Pesantren Bustanul Falah (dengan ukuran bangunan induk 9×9) ternyata tidak dapat menampung jumlah jama’ah yang melaksanakan sholat baik itu siswa maupun santri yang berjumlah sekitar 700-an karena overload, sehingga saat ini Yayasan Bustanul Falah merenovasi Musholla untuk diperlebar agar dapat menampung jama’ah lebih banyak lagi. Selain itu Kiai Zarkasy memberikan syarat kepada Gus Lilur bahwa pembangunan musholla ini tida diperkenankan untuk meminta sumbangan ke orang Non-Muslim dan meminta amal atau sumbangan di jalan.
Secara De Facto tanah ini diberikan oleh H. Samuin kepada Gus Lilur pada tahun 1999 yang lalu pada tahun tersebut Dr. KH. Kholilur Rohman dan Nyai Hj. Ulfatus Sholekhah pindah dari Genteng ke Dusun Tebuan untuk memulai perjuangan mensyiarkan ilmu pengetahuan. Diiringi semangat perjuangan, Gus Lilur mulai mendirikan rumah dan musholla pada tahun 2000, dan mengadakan rutinan istighosah setiap malam minggu pon guna menarik animo masyarakat, Lambat laun banyak tetanngga yang ikut mengaji di musholla sehingga secara perlahan beliau mendirikan Pondok Pesantren Bustanul Falah yang merupakan cabang dari Pondok Pesantren Bustanul Makmur Genteng (Bustanul Makmur III), setelah membangun Musholla Gus Lilur membangun dua surau dari sirap dan bambu yang mana itu merupakan asrama pertama yang digunakan untuk menampung santri yang mukim di Pondok Pesantren Bustanul Falah. Seiring berjalannya waktu gus lilur mulai mendirikan Madrasah Diniyah, TK Bustanul falah pada tahun 2006 dan Paud Taman Bahagia pada tahun 2007, lalu kemudian mendirikan SMK Bustanul Falah pada tahun 2010 hingga saat ini. Beliau juga mengisi kegiatan santri dengan pemahaman kitab melalui metode amsilati serta mewajibkan program tahfidzul qur’an.
Yayasan Bustanul Falah berdiri diatas tanah wakaf seluas 9720 m2 (Wakaf: 5920, SHM: 4100), dengan piagam pendirian pondok dari Kanwil Depag Jawa Timur Nomor Kw.13.5/02/PP.00.7/517/2007 tanggal 31 Juli 2007. Piagam Madrasah Diniyah dari Kantor Departemen Agama Kabupaten Banyuwangi Nomor: Kd.13.10/PP.00.7/229/2007 tanggal 28 Maret 2007, sebagai upaya pengembangan maka dibentuklah pengurus Lembaga/Yayasan berdasarkan akte notaris Agus Salim, S.H., M.Kn Nomor 06 tanggal 20 Februari 2009.
